自然科学课程课程由毕业于985、211院校的物理师资执教，平均教龄6年以上。课程面向初一至初三13至15岁学生，教学目的在于培养科学探索能力以服务初升高升学。授课内容涵盖运动学、声学、光学、力学、压强、机械、浮力、热学、电学、电磁学等。采用6至15人小班、平均10人一班，辅以本土化教研。